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Origine et maintient de la variation génétique (2/2)

Ce cours est une introduction à la génétique des populations, il est la suite du cours Impact de la sélection sur la génétique des populations. Il reprend les concepts de base vue dans le cours précédent, et les applique à l’étude de la diversité génétique au sein des populations. Il est destiné à des étudiants de Licence 2 en biologie, et a été donné à l’Université de Lausanne en 2024.

Sep 1, 2024

Impact de la sélection sur la génétique des populations (1/2)

Ce cours est une introduction à la génétique des populations, et plus particulièrement à l’impact de la sélection et de la dérive génétique sur le devenir des allèles dans une population. Il est destiné à des étudiants de Licence 2 en biologie, et a été donné à l’Université de Lausanne en 2024. Le cours contient aussi une fiche formalisme disponible ici pour les plus curieux. Enfin le cours contient des exercices pratiques en Python, qui sont disponibles ici et ont permis d’appliquer les concepts vus en cours pendant les TP de programmation.

Sep 1, 2024

Introduction to Snakemake for reproducible research

The workshop “Introduction to Snakemake for reproducible research” is a half-day workshop aimed at introducing participants to the Snakemake workflow management system. The workshop is designed for researchers who are interested in automating their data analysis workflows, and who have little to no experience with Snakemake. The workshop repository contains all the material required to follow the workshop. All the exercises and material required to complete them are available on the repository’s wiki.

Sep 1, 2023

Démarche scientifique

The class “Démarche scientifique” is about the functioning of scientific publishing.

Sep 1, 2021

Variant Calling (CNRS Formation Permanente)

This practical work was given as part of the CNRS Formation Permanente in September 2018. The documentations and slides are available here and here respectively. The code is available on the GitHub repository.

Sep 1, 2019

Reproducible science (Next-Generation Sequencing)

This practical work was given to Master students in biology at Ecole Normale Supérieure de Lyon in 2017-2019 (3 years). Reproducing (at least trying to) the study of Sohail et al, Science (2017) on negative selection in humans and fruit flies. The documentations and slides are available here and here respectively. The code and data are available on the GitHub repository. The results of the study is available here.

Sep 1, 2019